La CICESCT, inició su accionar en el 2002 como resultado de los compromisos contraídos por el Estado de Honduras en la Primera Conferencia Mundial realizada en Estocolmo, Suecia y la segunda realizada en Yokohama, Japón, para prevenir y erradicar la Explotación Sexual Comercial de niños y niñas (ESC). Estos compromisos incluyeron la creación de un espacio interinstitucional que impulsara la prevención y erradicación de la explotación sexual de niños, es así, que se empieza a trabajar de manera coordinada bajo el liderazgo de la cooperación internacional, en la conformación de la Comisión.

En un primer momento, la Comisión se denominó: Comisión Interinstitucional contra la Explotación Sexual Comercial de Niños, Niñas y Adolescentes en Honduras, (CICESCNNA), enfocando los esfuerzos en la prevención y combate de los delitos de explotación sexual cometidos contra la niñez.

Uno de los avances más significativos se alcanzó en el 2005, logrando la tipificación en el Código Penal de los Delitos de Explotación Sexual Comercial, homologando nuestra legislación nacional a la normativa internacional, garantizando la protección a la niñez  de estas formas de abuso y explotación; además, se elaboró y puso en marcha del Plan de Acción Nacional contra la Explotación Sexual Comercial.

A partir del 2005, la CICESCNNA, asume la responsabilidad de impulsar esfuerzos encaminados a prevenir y combatir la trata de personas, ajustando su nombre a Comisión Interinstitucional contra la Explotación Sexual Comercial y Trata de Personas de Honduras, (CICESCT).

En el 2012 se logra la aprobación de la Ley contra la Trata de Personas, la que brinda respaldo legal a la existencia de la CICESCT, estableciendo su creación con el propósito de promover, articular, monitorear y evaluar las acciones que se dirijan a la prevención y erradicación de este delito en sus diversas manifestaciones a través de la gestión e implementación de políticas públicas especializadas en esta materia.

En agosto del 2014, el gobierno, en cumplimiento de la Ley asigna fondos para que funcione la CICESCT con un equipo mínimo de profesionales y un espacio de trabajo, esto ha permitido que la comisión desarrolle su trabajo de manera más eficiente en los ámbitos de coordinación, fortalecimiento institucional y desarrollo de capacidades a nivel nacional, trabajando en la prevención, atención a víctimas y en el impulso del cumplimiento efectivo de la Ley.

En el 2018, se adscribe a la CICESCT, a la Secretaría de Estado en el Despacho de Derechos Humanos, como un órgano Desconcentrado, conservando su personalidad jurídica, autonomía organizativa, técnica, financiera y presupuestaria; a partir de mayo de ese año, se materializa la desconcentración funcionado actualmente como una institución independiente.

La CICESCT ha sido fortalecida como un espacio de aprendizaje, de intercambio de experiencias, de coordinación, de incidencia y de impulso hacia la construcción de políticas públicas, con la activa participación de  instituciones de gobierno, organizaciones de la sociedad civil, empresa privada, entes autónomos y apoyo de la cooperación internacional.

Se ha logrado fortalecer significativamente la apropiación de roles y responsabilidades institucionales e interinstitucionales, mejorando sustancialmente la coordinación, lo que ha permitido eficientar la respuesta ante la problemática, optimizar recursos, facilitar los procesos y por ende, tener mayor impacto con las acciones y estrategias que se implementan.